circRNA測(cè)序
circRNAs(Circular RNAs,環(huán)狀RNA)是一類不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共價(jià)鍵形成環(huán)形結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子。circRNAs廣泛存在于人和動(dòng)植物中,是一類新的隱秘未知但卻功能異常強(qiáng)大的非編碼RNA。不同于線性RNA,circRNAs呈封閉環(huán)狀結(jié)構(gòu),不受RNA外切酶影響,表達(dá)更穩(wěn)定,不易降解。這種特性,預(yù)示circRNAs有巨大潛力成為新的臨床診斷標(biāo)志物。
最近的研究證實(shí),circRNAs是ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的重要成員,可以像“海綿”一樣大量吸附miRNAs,進(jìn)而調(diào)控基因表達(dá)。然而,circRNAs隱秘的更強(qiáng)大的功能遠(yuǎn)未被發(fā)掘和闡釋。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1、文庫(kù)優(yōu)化:采用核糖體去除、鏈特異性文庫(kù)構(gòu)建、以及RNase R消化方案,既能獲取完整的環(huán)狀RNA和線性RNA序列,也可以僅保留環(huán)狀RNA序列。
2、分析多方面:多方面分析和鑒定樣本環(huán)狀RNA和長(zhǎng)鏈線性RNA(包括mRNA和lncRNA)。
3、 方案系統(tǒng):從circRNA發(fā)掘與表達(dá)分析,環(huán)狀RNA與長(zhǎng)鏈線性RNA互作分析,到ceRNA調(diào)控機(jī)制探析,由研究人員自由選擇研究方案。
產(chǎn)品優(yōu)勢(shì):
分析內(nèi)容多方面:不限于對(duì)已知circRNA的研究分析,并設(shè)置嚴(yán)格的篩選條件預(yù)測(cè)新的circRNA;
數(shù)據(jù)信息量大:可一次性獲得樣本中幾乎所有的circRNA信息,有利于提高后續(xù)分析結(jié)果的準(zhǔn)確性和多方面性;
測(cè)序物種多元:對(duì)包括人類、動(dòng)植物在內(nèi)的許多物種的circRNA進(jìn)行鑒定和分析;
標(biāo)準(zhǔn)生信分析
1.測(cè)序數(shù)據(jù)及其質(zhì)量控制:
測(cè)序堿基質(zhì)量值
測(cè)序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)
2.circRNA鑒定:
CircRNA的長(zhǎng)度分布
CircRNA 的來(lái)源統(tǒng)計(jì)
已知CircRNA的注釋
3.CircRNA的表達(dá)及差異表達(dá):
CircRNA的表達(dá)水平分析
CircRNA差異表達(dá)分析結(jié)果
差異表達(dá)CircRNA篩選、
差異表達(dá)CircRNA聚類分析
4.差異CircRNA來(lái)源基因富集分析:
差異CircRNA來(lái)源基因的GO分類
差異CircRNA來(lái)源基因的GO富集層次分析
差異CircRNA來(lái)源基因的COG注釋、
差異CircRNA來(lái)源基因KEGG注釋
差異CircRNA來(lái)源基因KEGG通路富集分析
樣品要求:
1、樣品類型:總RNA;
2、樣品濃度:≥200 ng/ul;
3、樣品總量:≥10ug;
4、樣品純度:OD260/280為1.8~2.2,OD260/230≥1.0,260nm處有正常峰值;無(wú)基因組DNA污染;
5、RNA完整性:電泳檢測(cè)28S/18S≥1.5。(據(jù)送樣日最近的電泳結(jié)果)