circRNA測(cè)序

circRNAs（Circular RNAs，環(huán)狀RNA）是一類不具有5' 末端帽子和3' 末端poly(A)尾巴、并以共價(jià)鍵形成環(huán)形結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子。circRNAs廣泛存在于人和動(dòng)植物中，是一類新的隱秘未知但卻功能異常強(qiáng)大的非編碼RNA。不同于線性RNA，circRNAs呈封閉環(huán)狀結(jié)構(gòu)，不受RNA外切酶影響，表達(dá)更穩(wěn)定，不易降解。這種特性，預(yù)示circRNAs有巨大潛力成為新的臨床診斷標(biāo)志物。

最近的研究證實(shí)，circRNAs是ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的重要成員，可以像“海綿”一樣大量吸附miRNAs，進(jìn)而調(diào)控基因表達(dá)。然而，circRNAs隱秘的更強(qiáng)大的功能遠(yuǎn)未被發(fā)掘和闡釋。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

1、文庫(kù)優(yōu)化：采用核糖體去除、鏈特異性文庫(kù)構(gòu)建、以及RNase R消化方案，既能獲取完整的環(huán)狀RNA和線性RNA序列，也可以僅保留環(huán)狀RNA序列。

2、分析多方面：多方面分析和鑒定樣本環(huán)狀RNA和長(zhǎng)鏈線性RNA（包括mRNA和lncRNA）。

3、 方案系統(tǒng)：從circRNA發(fā)掘與表達(dá)分析，環(huán)狀RNA與長(zhǎng)鏈線性RNA互作分析，到ceRNA調(diào)控機(jī)制探析，由研究人員自由選擇研究方案。

產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)：

分析內(nèi)容多方面：不限于對(duì)已知circRNA的研究分析，并設(shè)置嚴(yán)格的篩選條件預(yù)測(cè)新的circRNA；

數(shù)據(jù)信息量大：可一次性獲得樣本中幾乎所有的circRNA信息，有利于提高后續(xù)分析結(jié)果的準(zhǔn)確性和多方面性；

測(cè)序物種多元：對(duì)包括人類、動(dòng)植物在內(nèi)的許多物種的circRNA進(jìn)行鑒定和分析；

標(biāo)準(zhǔn)生信分析

1.測(cè)序數(shù)據(jù)及其質(zhì)量控制：

測(cè)序堿基質(zhì)量值

測(cè)序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)

2.circRNA鑒定：

CircRNA的長(zhǎng)度分布

CircRNA 的來(lái)源統(tǒng)計(jì)

已知CircRNA的注釋

3.CircRNA的表達(dá)及差異表達(dá)：

CircRNA的表達(dá)水平分析

CircRNA差異表達(dá)分析結(jié)果

差異表達(dá)CircRNA篩選、

差異表達(dá)CircRNA聚類分析

4.差異CircRNA來(lái)源基因富集分析：

差異CircRNA來(lái)源基因的GO分類

差異CircRNA來(lái)源基因的GO富集層次分析

差異CircRNA來(lái)源基因的COG注釋、

差異CircRNA來(lái)源基因KEGG注釋

差異CircRNA來(lái)源基因KEGG通路富集分析

樣品要求：

1、樣品類型：總RNA；

2、樣品濃度：≥200 ng/ul；

3、樣品總量：≥10ug；

4、樣品純度：OD260/280為1.8~2.2，OD260/230≥1.0，260nm處有正常峰值；無(wú)基因組DNA污染；

5、RNA完整性：電泳檢測(cè)28S/18S≥1.5。（據(jù)送樣日最近的電泳結(jié)果）