Small RNA測序
Small RNA測序
小RNA是一類長度在18-30nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA等,參與調(diào)控基因表達(dá)、生長發(fā)育、非生物脅迫和病原菌的侵害等過程。
利用第二代高通量測序技術(shù),對特定狀態(tài)下的組織的small RNA進(jìn)行測序,對獲得的小 RNA 序列進(jìn)行分析、鑒定,同時還可以預(yù)測新的miRNA,并對鑒定出的miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測和功能分析。
應(yīng)用領(lǐng)域:
樣本全轉(zhuǎn)錄本信息獲取
基因注釋及篩選
基因結(jié)構(gòu)分析
產(chǎn)品優(yōu)勢:
技術(shù)穩(wěn)定性好:技術(shù)穩(wěn)定,建庫穩(wěn)定性好
檢測精度高:幾百萬級深度檢測,可以檢測出低豐度small RNA
分析內(nèi)容多方面:不僅可以分析microRNA,還可以分析siRNA
標(biāo)準(zhǔn)信息分析
1.測序數(shù)據(jù)及其質(zhì)量控制:
測序堿基質(zhì)量值
測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
2.sRNA分類注釋:
ncRNA及重復(fù)序列注釋
與參考基因組比對
公共及特有序列分析
3.miRNA分析:
miRNA鑒定、
miRNA堿基偏好性分析
miRNA堿基編輯分析
miRNA家族分析
4.miRNA表達(dá)量分析:
miRNA定量、
miRNA表達(dá)量總體分布
5.miRNA差異表達(dá)分析:
差異表達(dá)miRNA篩選、
差異表達(dá)miRNA聚類分析
6.miRNA靶基因預(yù)測
7.差異表達(dá)miRNA靶基因注釋:
差異表達(dá)miRNA靶基因的GO分類
差異表達(dá)miRNA靶基因GO富集層次分析
差異表達(dá)miRNA靶基因的COG注釋、
差異表達(dá)miRNA靶基因KEGG注釋
差異表達(dá)miRNA靶基因KEGG通路富集分析
樣品要求:
1.樣品類型:總RNA;
2.樣品濃度:總RNA濃度≥350 ng/ul;
3.樣品總量:總RNA用量>6ug;
4.樣品純度: OD260/280為1.8~2.2,260nm處有正常峰值;
5.RNA完整性:總RNA 28S/18S≥1.5; Small RNA要求電泳后有單一5S條帶。(距送樣日最近的電泳結(jié)果)