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中國微生物菌種

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Small RNA測序
發(fā)布日期:2024-10-14 08:59:03


Small RNA測序


Small RNA測序

小RNA是一類長度在18-30nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA等,參與調(diào)控基因表達(dá)、生長發(fā)育、非生物脅迫和病原菌的侵害等過程。

利用第二代高通量測序技術(shù),對特定狀態(tài)下的組織的small RNA進(jìn)行測序,對獲得的小 RNA 序列進(jìn)行分析、鑒定,同時還可以預(yù)測新的miRNA,并對鑒定出的miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測和功能分析。

應(yīng)用領(lǐng)域:

樣本全轉(zhuǎn)錄本信息獲取

基因注釋及篩選

基因結(jié)構(gòu)分析

產(chǎn)品優(yōu)勢:

技術(shù)穩(wěn)定性好:技術(shù)穩(wěn)定,建庫穩(wěn)定性好

檢測精度高:幾百萬級深度檢測,可以檢測出低豐度small RNA

分析內(nèi)容多方面:不僅可以分析microRNA,還可以分析siRNA

標(biāo)準(zhǔn)信息分析

1.測序數(shù)據(jù)及其質(zhì)量控制:

測序堿基質(zhì)量值

測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計

2.sRNA分類注釋:

ncRNA及重復(fù)序列注釋

與參考基因組比對

公共及特有序列分析

3.miRNA分析:

miRNA鑒定、

miRNA堿基偏好性分析

miRNA堿基編輯分析

miRNA家族分析

4.miRNA表達(dá)量分析:

miRNA定量、

miRNA表達(dá)量總體分布

5.miRNA差異表達(dá)分析:

差異表達(dá)miRNA篩選、

差異表達(dá)miRNA聚類分析

6.miRNA靶基因預(yù)測

7.差異表達(dá)miRNA靶基因注釋:

差異表達(dá)miRNA靶基因的GO分類

差異表達(dá)miRNA靶基因GO富集層次分析

差異表達(dá)miRNA靶基因的COG注釋、

差異表達(dá)miRNA靶基因KEGG注釋

差異表達(dá)miRNA靶基因KEGG通路富集分析

樣品要求:

1.樣品類型:總RNA;

2.樣品濃度:總RNA濃度≥350 ng/ul;

3.樣品總量:總RNA用量>6ug;

4.樣品純度: OD260/280為1.8~2.2,260nm處有正常峰值;

5.RNA完整性:總RNA 28S/18S≥1.5; Small RNA要求電泳后有單一5S條帶。(距送樣日最近的電泳結(jié)果)

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