染色質免疫沉淀CHIP-seq
染色質免疫共沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具,通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與新一代測序技術相結合的ChIP-Seq技術,能夠效率高地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。
一、ChIP-Seq
首先通過染色質免疫共沉淀技術(ChIP)特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段,并對其進行純化與文庫構建,然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽確定定位到基因組上,從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息。
應用領域:
? 判斷DNA鏈的某一特定位置組蛋白修飾的類型
? 確定定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結合位點
? 組蛋白共價修飾與基因表達的關系的研究
? 轉錄因子結合位點和功能研究
產品優勢:
? 檢測覆蓋范圍廣:全基因組范圍內掃描目標區域;
? 檢測分辨率高:更利于確定定位目標區域;
? 樣本需要量低:需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng;
? 可靠性好:避免了非特異性雜交,背景低;
? 性價比高:花費較少即可檢測全基因組,獲取準確豐富的信息。
1.基本信息分析
按照標準過濾原則對將raw data過濾成clean data;
raw data及clean data的數據量及Q20、Q30統計;
raw data及clean data測序質量分布圖,GC/AT含量分布圖,duplicate rate統計。
2.標準信息分析
比對到參考基因組并統計比對結果(需提供參考基因組信息);
Peak calling得出Peak region report(CSC bedformat file);
去除multiple identical序列;
確定轉錄結合位點和組蛋白標記;
Peak相關基因的GO注釋分析;
多個樣本間peak及相關基因的差異分析。
3.高級信息分析
根據客戶的具體研究目的所開展的深入分析。
樣品要求:
1. 樣品類型:ChIP-DNA;
2. 樣品濃度:≥10 ng/μl;
3. 樣品總量:≥100 ng;單次實驗用量為30ng時實驗的可重復性較好,因此請盡可能提供較多的樣品;若單次ChIP后DNA量不夠,建議將2~3次ChIP的DNA合并在一起;
4. 樣品純度:OD260/280為1.8~2.2;
5.DNA片段大小:分布在100~500bp范圍,且主要片段在~250bp(清晰的電泳圖或2100檢測結果)。