染色質免疫沉淀CHIP-seq

染色質免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具，通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與新一代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠效率高地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。

一、ChIP-Seq

首先通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，并對其進行純化與文庫構建，然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽確定定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息。

應用領域：

? 判斷DNA鏈的某一特定位置組蛋白修飾的類型

? 確定定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結合位點

? 組蛋白共價修飾與基因表達的關系的研究

? 轉錄因子結合位點和功能研究

產品優勢：

? 檢測覆蓋范圍廣：全基因組范圍內掃描目標區域；

? 檢測分辨率高：更利于確定定位目標區域；

? 樣本需要量低：需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng；

? 可靠性好：避免了非特異性雜交，背景低；

? 性價比高：花費較少即可檢測全基因組，獲取準確豐富的信息。

1.基本信息分析

按照標準過濾原則對將raw data過濾成clean data；

raw data及clean data的數據量及Q20、Q30統計；

raw data及clean data測序質量分布圖，GC/AT含量分布圖，duplicate rate統計。

2.標準信息分析

比對到參考基因組并統計比對結果（需提供參考基因組信息）；

Peak calling得出Peak region report(CSC bedformat file)；

去除multiple  identical序列；

確定轉錄結合位點和組蛋白標記；

Peak相關基因的GO注釋分析；

多個樣本間peak及相關基因的差異分析。

3.高級信息分析

根據客戶的具體研究目的所開展的深入分析。

樣品要求：

1. 樣品類型：ChIP-DNA；

2. 樣品濃度：≥10 ng/μl；

3. 樣品總量：≥100 ng；單次實驗用量為30ng時實驗的可重復性較好，因此請盡可能提供較多的樣品；若單次ChIP后DNA量不夠，建議將2~3次ChIP的DNA合并在一起；

4. 樣品純度：OD260/280為1.8~2.2；

5.DNA片段大小：分布在100~500bp范圍，且主要片段在～250bp（清晰的電泳圖或2100檢測結果）。