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染色質免疫沉淀CHIP-seq
發布日期:2024-10-12 10:11:32


染色質免疫沉淀CHIP-seq


染色質免疫共沉淀技術(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究體內蛋白質與DNA相互作用的有力工具,通常用于轉錄因子結合位點或組蛋白特異性修飾位點的研究。將ChIP與新一代測序技術相結合的ChIP-Seq技術,能夠效率高地在全基因組范圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。

 

一、ChIP-Seq

首先通過染色質免疫共沉淀技術(ChIP)特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段,并對其進行純化與文庫構建,然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列標簽確定定位到基因組上,從而獲得全基因組范圍內與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段信息。

 

應用領域:

? 判斷DNA鏈的某一特定位置組蛋白修飾的類型

? 確定定位RNA polymerase II及其它反式因子在基因組上結合位點

? 組蛋白共價修飾與基因表達的關系的研究

? 轉錄因子結合位點和功能研究

產品優勢:

? 檢測覆蓋范圍廣:全基因組范圍內掃描目標區域;

? 檢測分辨率高:更利于確定定位目標區域;

? 樣本需要量低:需要的免疫沉淀后的DNA量可低至5-10ng;

? 可靠性好:避免了非特異性雜交,背景低;

? 性價比高:花費較少即可檢測全基因組,獲取準確豐富的信息。

1.基本信息分析

按照標準過濾原則對將raw data過濾成clean data;

raw data及clean data的數據量及Q20、Q30統計;

raw data及clean data測序質量分布圖,GC/AT含量分布圖,duplicate rate統計。

2.標準信息分析

比對到參考基因組并統計比對結果(需提供參考基因組信息);

Peak calling得出Peak region report(CSC bedformat file);

去除multiple  identical序列;

確定轉錄結合位點和組蛋白標記;

Peak相關基因的GO注釋分析;

多個樣本間peak及相關基因的差異分析。

3.高級信息分析

根據客戶的具體研究目的所開展的深入分析。

 

樣品要求:

1. 樣品類型:ChIP-DNA;

2. 樣品濃度:≥10 ng/μl;

3. 樣品總量:≥100 ng;單次實驗用量為30ng時實驗的可重復性較好,因此請盡可能提供較多的樣品;若單次ChIP后DNA量不夠,建議將2~3次ChIP的DNA合并在一起;

4. 樣品純度:OD260/280為1.8~2.2;

5.DNA片段大小:分布在100~500bp范圍,且主要片段在~250bp(清晰的電泳圖或2100檢測結果)。

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