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全基因組重測序
發布日期:2024-10-11 15:27:47


全基因組重測序


全基因組關聯分析(Genome-Wide Association Study,GWAS)在動植物的研究中對于重要性狀特別是復雜形狀的定位有著快速、準確的優點。基于高通量測序對某種農作物或禽畜的代表性品種、地方種或野生種進行基因分型,結合準確的表型數據可對農作物或禽畜重要復雜性性狀進行定位。特別是在包含了野生種、馴化種和改良種的群體中,結合群體進化分析對收到馴化和改良的重要基因進行定位,是研究作物或禽畜微進化及馴化改良表型的重要思路。


應用領域
全基因組范圍內多性狀的定位;目標性狀的生物學基礎研究。

產品優勢
1、高通量檢測全基因組SNP并進行關聯分析,掃除定位盲點;
2、重重篩選SNP,多重檢驗顯著性,保證結果準確性;
3、同時對多種性狀進行定位;
4、定位精度至多可達單基因水平。

標準信息分析
1、已有參考基因組序列的動植物自然群體;
2、樣本間無明顯的亞群分化(如生殖隔離等);
3、所研究表型性狀遺傳力較強。
4、≥200個樣本;
5、基于SNP:≥5 X/個體;
6、基于CNV:≥30X/個體 10~20W Tags;
7、平均8 X/Tag;
8、測序數據質量評估;
9、與參考基因組比對;
10、CNV檢測及注釋 SNP檢測及注釋;

高級信息分析
1、構建系統進化樹;
2、群體主成分分析;
3、連鎖不平衡分析;
4、性狀關聯分析;
5、目標性狀相關區域基因功能注釋;
6、構建單體型圖譜。

樣品要求
1、樣品類型:基因組DNA;
2、樣品需求量:單次2 ug;
3、樣品濃度:文庫≥30 ng/μl;
4、樣品純度:OD260/280為1.8-2.0;
5、電泳要求:主帶清晰,無降解或輕度降解。(距送樣日最近的電泳結果)

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