控制菌檢查法
控制菌檢查法是檢查供試品中是否有特定微生物，比如大腸埃希菌，沙門菌與銅綠假單胞菌等，這些菌種是致病菌或者有致病菌種存在的指示菌，其存在對藥物的安全性造成了極大的影響，因此需要控制為不得檢出。大腸埃希菌是非無菌制劑控制最常見的控制菌，其本身并不是致病菌，但其存在表明藥品很有可能被危險性更大的沙門菌等污染，以下關于控制菌檢查法的討論皆以大腸埃希菌為例。
1.與微生物計數法的不同
控制菌檢查法類似于微生物計數法，但因其本身特點，其檢查也有很大的不同之處。其主要特點是控制菌要求不得檢出，所以一般情況下，即使有控制菌污染，檢出量應該也較低，如果直接檢測，有可能因為量太少而造假陰性，所以需要用液體培養基對其進行培養，促進目標菌生長，對菌液進行“富集”，便于檢測，液體培養基“富集”的過程除了能培養目標菌外，還要求對其他干擾菌有抑制作用；“富集”后，接種至固體培養基上，與其他干擾菌分離后，進行特異性反應（如大腸埃希菌若有檢出顯紅色或粉紅色）確認是否檢出。
供試液制備（1∶10供試液）→增菌培養（胰酪大豆胨液體培養基）→選擇(麥康凱液體培養基)→分離(麥康凱固體培養基)是控制菌檢查法(大腸埃希菌檢查)的基本邏輯。相對于微生物計數法來說（詳見微生物三部曲之一：微生物計數法），供試液制備和增菌培養基本同微生物計數法，控制菌檢查法多了選擇和分離兩個步驟。
2.麥康凱液體培養基和麥康凱瓊脂培養基
液體培養基需要有促生長能力，同時，一些與目標菌不同的菌也會生長，這些菌的存在有可能會干擾目標菌的檢測，液體培養基不僅需要對目標菌有促生長能力，對干擾菌還需要有抑制能力，大腸埃希菌(革蘭氏陰性菌)檢測時，所用的麥康凱液體培養基對大腸埃希菌有促生長能力，對金黃色葡萄球菌有抑制能力。金黃色葡萄球菌作為常見的革蘭氏陽性菌，生長速度快，其存在可能會掩蓋目標菌，檢測大腸埃希菌時需要對其進行抑制，降低金黃色葡萄球菌的“噪音”，提高大腸埃希菌檢測的可能性。
麥康凱液體培養基對金黃色葡萄球菌有抑制作用的原因是培養基中含有膽鹽，金黃色葡萄球菌(革蘭氏陽性菌)細胞沒有外膜保護，易被膽鹽破壞，而大腸埃希菌(革蘭氏陰性菌)細胞外膜可以起到保護作用。
液體培養基培養富集后，需要劃線接種到固體培養基上進行培養檢測，劃線接種是一種菌種分離手段，取麥康凱液體培養物涂在麥康凱瓊脂培養基上，然后劃線使培養物分散，旋轉角度往不同的方向繼續劃線，培養物濃度越來越低，與此同時也達到了分離的目的，最后一次劃線得到了單個大腸埃希菌菌落，用于檢測。劃線接種的目的類似于，在一堆沙子中，有一些金子，最后通過劃線，將沙子不停的分散，最后能夠得到單個金粒。
大腸埃希菌所用的固體培養基為麥康凱瓊脂培養基，不僅對大腸埃希菌有促生長能力，還具有指示特性，即大腸埃希菌在該固體培養基上培養后，會產生紅色或粉紅色菌落，這是乳糖發酵后產生的特異性顏色，其作用原理為麥康凱瓊脂培養基含有中性紅，大腸埃希菌能發酵乳糖產酸，中性紅在酸性條件下變成紅色或粉紅色，所以具有指示性作用。麥康凱瓊脂培養基里也含有結晶紫，可以進一步抑制革蘭氏陽性菌的干擾。
大腸埃希菌檢測方法通過抑制革蘭氏陽性菌的干擾，發酵乳糖產酸使中性紅變成紅色或粉紅色而進行確定，能夠發酵乳糖的常見革蘭氏陰性菌并不多見，所以方法具有很強的專屬性，但也有一些非常見的革蘭氏陰性菌如克雷伯菌會造成干擾，所以檢測結果如有菌落生長，需要對其進行鑒定是否為大腸埃希菌。
3.陰性對照
除把供試液換成稀釋液外，其余操作均同供試液，要求陰性對照無菌生長，以防檢測結果出現假陽性。
4.培養基適用性檢查
考察除樣品外對整個方法的影響。
(1)麥康凱液體培養基促生長能力
接種不大于100cfu的大腸埃希菌于麥康凱液體培養基和對照培養基(一般從中檢院購買)中，在42~44℃培養最多24小時，與對照培養基比較，被檢培養基管試驗菌應生長良好。
(2)麥康凱液體培養基抑制能力
接種不少于100cfu的金黃色葡萄球菌于麥康凱液體培養基和對照培養基中，在42~44℃培養最少48小時，被檢培養基管試驗菌不得生長。
(3)麥康凱瓊脂培養基促生長能力
用涂布法接種不大于100cfu的大腸埃希菌于麥康凱瓊脂培養基和對照培養基平板上，在30~35℃培養最多18小時，被檢培養基與對照培養基上生長的菌落大小、形態特征應一致。
(4)麥康凱瓊脂培養基指示特性
用涂布法接種不大于100cfu的大腸埃希菌于麥康凱瓊脂培養基和對照培養基平板上，在30~35℃培養最多18小時，被檢培養基與對照培養基上生長的菌落大小、形態特征應一致。被檢培養基上試驗菌生長的菌落大小、形態特征與對照培養基一致，且被檢培養基與對照培養基均顯紅色或粉紅色。
5.方法適用性試驗
主要考察樣品對檢測方法的影響。
可取1:10供試液10ml(含有1g藥物)，加入不大于100cfu的大腸埃希菌，接種至胰酪大豆胨液體培養基中，在30~35℃下培養不超過18小時。后續繼續在麥康凱液體培養基中選擇，在麥康凱瓊脂培養基中分離培養，應能檢出。
如果未檢出，標準藥物可能有抑菌作用，需要加入中和劑。此時需要考察中和劑對大腸埃希菌的抑制作用。
或者采用薄膜過濾法，取10ml供試液，過濾，沖洗，在最后一次沖洗液中加入大腸埃希菌，再接種于胰酪大豆胨液體培養基中培養。后續選擇和分離，應能檢出。
6.供試品檢測
根據方法適用性確認的方法，配制1:10供試液，取10ml，直接接種或過濾接種于胰酪大豆胨液體培養基中，取1ml接種至100ml麥康凱液體培養基中，于42-44℃培養24-48小時，劃線接種于麥康凱瓊脂培養基平板上，于30-35℃培養18-72小時。
應不得檢出，如有檢出，需要進行鑒定，該微生物不得為大腸埃希菌，且不得為其他不可接受菌。
