質譜
質譜技術的基本原理是樣品分子離子化后，根據不同離子間的荷質比（ m/e ）的差異來分離并確定分子量。其原理并不新鮮，但是在 80 年代早期出現的兩種新的離子化技術，使質譜從僅能分析小分子揮發物質到可以研究生武打分子， 80 年代末又發明了兩種更新的離子化技術，一種是介質輔助的激光解吸 / 離子化（ matrix-assisted laser desorption/ionization ， MALDI ），另一種是電噴霧離子化（ electrospray ionization ， ESI ）。這些技術能快速而極為準確地測定生物大分子的分子量；在結合各種新的質譜分析技術，便可以在各種水平上研究蛋白質，為蛋白質研究開辟了新的道路，是蛋白質組研究從蛋白質深入到高級結構研究，以及各種蛋白質之間的相互作用研究。
另外，對于蛋白質和多肽，質譜的發展還有一個重要的用途是肽的測序。這是采用串聯質譜（ Tandem-MS ），即在第一級質譜得到肽的分子離子 , 選取目標肽的離子作為母離子，與惰性氣體碰撞，使肽鏈中的肽鍵斷裂，形成一系列離子，即 N 端碎片離子系列（ B 系列）和 C 端碎片離子系列（ Y 系列），將這些碎片離子系列綜合分析，可得出肽段的氨基酸序列。最近， Wilm 等應用納噴串聯質譜（ nano-electrospray tandem mass spectrometry ）能在較低的 fmol 量上測得肽段序列。在 MALDI-MS 方面，近年來可用源后衰變 - 基質輔助激光解吸離子化質譜（ post-source decay MALDI-MS ， PSD-MALDI-MS ）技術測得肽序列。
與上述方法測肽序列不同， Chait 等發展一種稱為“ protein ladder sequencing ”的方法，通過對 Edman 降解法的修改，產生一系列截去 N 端殘基的肽段，用 MALDI-MS 測得這些肽段的質量，從而推測 N 端序列。 Patterson 等利用羧肽酶 Y 酶解法并結合 MALDI-TOF MS 質量分析法同樣測得了 C 端得肽序列。 Mann 等用串聯質譜技術分析肽段可得到這樣的信息： N 端段質量、 C 端段質量和中間少數幾個殘基的序列，稱為“肽序列標記”（ peptide sequence tag ， PST ），并認為這樣的標記比部分肽序列信息在查庫時更具限制性。
質譜法有不少優點，還能用于翻譯后修飾的分析（糖基化、磷酰化），但目前只適用于 20 個氨基酸以下的肽段。此外，還存在固有的局限性，譬如 Leu 和 Ile 、 Lys 和 Gln 不能區分，有些肽的固有序列不能用質譜法測定。
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