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siRNA的設計
發布日期:2022-10-08 09:57:32


siRNA的設計


1. 在設計RNAi 實驗時,可以先在以下網站進行目標序列的篩選:
http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html
http://www.ic.sunysb.edu/Stu/shilin/rnai.html
http://design.dharmacon.com/rnadesign/default.aspx?SID=45358710

 

2.RNAi 目標序列的選取原則:
(1) 從轉錄本(mRNA )的AUG 起始密碼開始,尋找“AA” 二連序列,并記下其3' 端的19 個堿基序列,作為潛在的siRNA 靶位點。有研究結果顯示GC 含量在45%—55% 左右的siRNA 要比那些GC 含量偏高的更為有效。
Tuschl 等建議在設計siRNA 時不要針對5' 和3' 端的非編碼區(untranslated regions ,UTRs) ,原因是這些地方有豐富的調控蛋白結合區域,而這些UTR 結合蛋白或者翻譯起始復合物可能會影響siRNP 
核酸內切酶復合物結合mRNA 從而影響siRNA 的效果。


(2) 將潛在的序列和相應的基因組數據庫(人,或者小鼠,大鼠等等)進行比較,排除那些和其他編碼序列/EST 同源的序列。

例如使用BLAST ( www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ )


(3) 選出合適的目標序列進行合成。通常一個基因需要設計多個靶序列的siRNA ,以找到最有效的siRNA 序列。

 

3. 陰性對照
一個完整的siRNA 實驗應該有陰性對照,作為陰性對照的siRNA 應該和選中的siRNA 序列有相同的組成,但是和mRNA 沒有明顯的同源性。通常的做法是將選中的siRNA 序列打亂,同樣要檢查結果以保證它和目的靶細胞中其他基因沒有同源性。

 


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